La razón de ser de Puendeluna es la existencia de un puente para salvar el río Gállego, ubicado en el eje de la vía romana que unía la comarca de las Cinco Villas con la ruta que, partiendo de Zaragoza, se dirigía hacia los Pirineos y hacia la actual Francia. Dicho puente existía ya en época romana, y fue objeto de sucesivas reconstrucciones.
La zona es reconquistada a los musulmanes en el siglo XI, siendo por esas fechas cuando se debe repoblar el pueblo, siendo la repoblación del mismo de origen eclesiástico. No obstante, poco después pasa a pertenecer a la familia de los Luna y al Concejo de Luna en tanto que aldea del mismo.
La importancia del puente se destaca por el hecho de que en el año 1346 el rey Pedro IV de Aragón concedió el pontazgo, o derecho de cobro de un peaje por el uso del puente, a Luna (ya que en esas fechas Puendeluna era una aldea de Luna), durante cinco años, para la reconstrucción del puente afectado por una riada, siendo el privilego ampliado por cuatro años más en 1348. Hay que tener en cuenta que ya en el año 1265 el pontazgo rentaba al Concejo de Luna la cifra de 200 libras jaquesas.